אוסף הספרייה הרפואית
הספרייה הרפואית ע"ש פיליפ ומוריאל ברמן
בספריה ישנו מוזיאון להיסטוריה של הרפואה. ד"ר זיגפריד פלשקס היה מיוזמי המוזיאון אשר הועבר לספריה הרפואית באוניברסיטה העברית. במוזיאון ניתן למצוא פריטים שונים כגון מדליות- ex-libris ,תגיות לספרים, קמיעות, תצלומי כתבי-יד, תמונות, בולים הקשורים לרפואה ועוד. הספריה הרפואית ע"ש ברמן אמונה על התחזוקה וניהול המוזיאון. האוספים עוברים תהליך של דיגיטציה וניתן לצפות בהם באוספים הדיגיטאליים של הספריה הרפואית.
אוסף ספרות וספרות נדירה
האוסף בתחום ההיסטוריה של הרפואה כולל ספרים על תולדות הרפואה מהמאה ה-19 ספרים על תתי-מקצועות במדעי הרפואה ופקסימליות של ספרות נדירה מהמאה ה-13. כמו כן ישנו אוסף מרשים העוסק בכתבי הרמב"ם שהוענק על ידי ד"ר זוסמן מונטנר. האוסף מיוחד במינו בתחומו והוא מהחשובים במדינת ישראל.
אוסף הספרים והספרים נדירים בקטלוג המקוון של הספרייה הרפואית.